En septiembre de 1945, cuando ya las Hijas del Buen Pastor habían desalojado el edificio, la prisión de madres lactantes de San Isidro fue trasladada a Ventas, a “un rincón sudoeste del segundo piso”, constituyéndose en departamento diferenciado y ocupando el antiguo dormitorio infantil diseñado en el edificio. Por aquellas mismas fechas se constituía formalmente el llamado “Hospital penitenciario Raimundo Fernández Cuesta” en la misma cárcel, con clínica de obstetricia y ginecología propia.
La historia de la popularmente denominada “Maternal de San Isidro”, para presas madres con condena firme, con capacidad para ciento veinte reclusas, se remonta a septiembre de 1940, cuando fue habilitada en un hotel de la carrera de San Isidro. Allí fueron encerradas buena parte de las presas madres, encintas o con sus hijos, que hasta entonces habían estado en Ventas –en penosas condiciones- y en otra maternal anterior, la habilitada en 1939 en el antiguo edificio del Instituto Escuela, actual Instituto Ramiro de Maeztu. En el verano de 1941 permanecían encerradas en San Isidro 94 madres y 87 niños.
Por entonces se desempeñaba en la Maternal de San Isidro como jefe de servicios la teresiana María Topete Fernández. Topete había estado encarcelada en la prisión del Conde de Toreno en el verano de 1936 y, finalizada la guerra, había entrado a trabajar en agosto del 1939 en Ventas como auxiliar interina, como pariente o víctima ella misma de la “barbarie roja”. A San Isidro fue enviada ya en septiembre del año siguiente para organizar la nueva prisión, que pasó a dirigir en febrero de 1943.
La Prisión de Madres Lactantes de San Isidro- fue presentada en su momento como un establecimiento modelo, escaparate de la bondad del régimen en su defensa de los valores de la maternidad y de la infancia. Fue sin duda alguna la cárcel femenina más publicitada por los medios oficiales, lo mismo durante su época de prisión independiente que como filial de la prisión central de Ventas a partir de enero de 1941. La misma atención mediática –y objeto de visitas oficiales- seguiría recibiendo a lo largo de los años siguientes, tras su traslado al edificio de Ventas en 1945.
Una de las reglas básicas del funcionamiento de la Maternal de San Isidro era la estricta separación entre madres e hijos, que solamente podían pasar juntos una hora al día y otra a la tarde, siguiendo la larga tradición del departamento de párvulos de la antigua penitenciaría de Alcalá de Henares. Los niños y las niñas mayores dormían en salas diferenciadas sin contacto con sus madres. El resultado era una prisión de carácter más bien conventual, con un acusado énfasis en el control y disciplina tanto de las presas –comunes y políticas mezcladas- como de sus hijos, que dejaría una honda y dolorosa huella en la memoria de las reclusas. El capellán mercedario Gumersindo de Placer así lo justificaba en 1947, como capellán del centro ya instalado en Ventas:
“Ni todo el día están juntos hijos y madres, ni sería conveniente tal convivencia. A fe de observador y pedagogo, que saldrían ganando las criaturas si muchas veces sólo viesen a sus madres a través de un cristal, para conocerlas, quererlas y mandarlas besos, pero no para sufrir su influencia moral o física”.
María Topete recibió dos medallas de plata al Mérito Penitenciario y la Gran Cruz al Mérito Civil. La fecha de su jubilación en 1965 fue postergada dos años más a petición del entonces ministro de Justicia, Antonio María de Oriol y Urquijo.